Sowohl Kakashi als auch Danzou hatten ihr Sharingan physisch durch eine Transplantation erhalten.
Während des Finales des Vierten Shinobi-Weltkriegs entreißt Madara Kakashi das Sharingan und transplantiert es ihm als linkes Auge Kapitel 674 ).
Naruto erschafft mit der Kraft von Hagaromo ein normales Auge für Kakashi Kapitel 675 ).
Aus dem Naruto-Wikia-Artikel zu Kakashi Hatake , zusammengefasste Handlungszusammenfassung der Kapitel 686, 687 und 688 (Hervorhebung von mir):
Bereit, sein Leben zu geben, um so wenig wie möglich zu helfen, stellt sich Kakashi vor Sasuke, um den Angriff anzunehmen, während Obito dasselbe für Naruto tut. Obwohl sie sich in ihrer Bereitschaft zu sterben einig sind, entscheidet Obito, dass es für Kakashi zu früh ist und setzt Kamui für den Angriff ein, der für ihn bestimmt ist, so dass Obito sich nicht mehr retten kann. Obitos Körper löst sich auf, aber sein Geist kehrt kurz darauf zurück und bewohnt Kakashi. Obito spürt, dass Kakashi der nächste Hokage werden wird und möchte ihn belohnen: einen vorübergehenden Moment, in dem er zwei Mangekyō Sharingan besitzt.
Obito gab Kakashi das Privileg, vorübergehend beide Sharingan (Mangekyou) zu besitzen. Dies war das Werk des Geistes von Obito und nicht des physischen Ichs. Daher war das Sharingan, das Kakashi benutzte, geistig beeinflusst.
Später, als Kaguya besiegt wird, verlässt Obitos Geist Kakashis Seite, um sich der anderen Welt anzuschließen. Weil der Geist geht, verschwindet auch das Sharingan mit ihm.
Wäre das Sharingan physisch vorhanden gewesen, wäre es geblieben, genau wie Danzou, die Kotoamatsukami-Krähe und Kakashi aus der Vorkriegszeit.