Es ist kein Plotloch. Es gibt eine Regel im Death Note, die dies speziell abdeckt.
Die Verwendung des Death Note in der menschlichen Welt wirkt sich manchmal auf das Leben anderer Menschen aus oder verkürzt dessen ursprüngliche Lebensdauer, auch wenn deren Namen eigentlich nicht im Death Note selbst stehen. In diesen Fällen sieht der Gott des Todes unabhängig von der Ursache nur die ursprüngliche und nicht die verkürzte Lebensdauer.
(Quelle: Band 8 des Manga)
Kurze Antwort: Es spielt keine Rolle, wie viel Zeit Misa durch das Shinigami gewonnen hat oder wie viel sie durch die Halbierung ihrer Lebensspanne verloren hat. Jedes Mal, wenn jemand, der für Ihr Schicksal relevant ist, durch das Death Note getötet wird, ändert sich die Zukunft und Ihre Lebensspanne wird neu berechnet.
Misa lebte um des Lichtes willen. Licht wurde durch das Death Note getötet. Es wäre seltsam gewesen, wenn ihre neu berechnete Lebensspanne nicht dramatisch kürzer als zuvor gewesen wäre.
Die Tatsache, dass sie am Valentinstag im Jahr nach Lights Tod gestorben ist, lässt stark vermuten, dass sie Selbstmord begangen hat, weil er tot war. Dies wird auch am Ende des Anime gezeigt.
Längere Antwort: So wie das Töten eines Mörders mit dem Death Note das Leben ihrer zukünftigen Opfer verlängern kann, so kann das Töten eines Menschen mit dem Death Note das Leben ihrer Lieben verkürzen.
Wir sehen, dass sich beide Beispiele mit Misa ereignen. Ihr Leben hatte mit dem Überfall geendet, aber sie durfte indirekt durch das Death Note weiterleben. Später hatte sie ein langes Leben vor sich, aber das Death Note gab ihr indirekt einen vorzeitigen Tod.
Der beste Teil dieser Regel ist der letzte Satz: “In diesen Fällen sieht der Gott des Todes, unabhängig von der Ursache, nur die ursprüngliche und nicht die verkürzte Lebensdauer”
Die Lebensdauer, die Shinigami sieht, ist also im Grunde genommen nicht verlässlich genau. Sie können nur die ursprüngliche Lebensspanne der Person sehen. Wenn das Death Note die Lebensspanne einer Person indirekt verkürzt, ändert sich die sichtbare Lebensspanne dieser Person nicht.
Diese Regel wurde höchstwahrscheinlich vom Autor nur aufgestellt, um sicherzustellen, dass es keine Plottlöcher gibt.
Anmerkung: Dies gilt nur für das Death Note, das indirekt das Leben von Menschen verkürzt. Die ursprüngliche Lebensspanne des Benutzers wird immer noch sichtbar abnehmen, wenn er die Hälfte seiner Lebensspanne gegen Shinigami-Augen eintauscht (wie gezeigt wird, wenn Rem wieder mit Misa vereinigt wird, da sie in der Lage ist zu erkennen, dass Misa wieder die Hälfte ihrer Lebensspanne eingetauscht hat).
Die Lebensspanne des Benutzers wird auch sichtbar zunehmen, wenn das Death Note indirekt die Lebensspanne von jemandem verlängert. Regel LIX besagt:
Ein menschlicher Tod, der durch das Death Note verursacht wird, verlängert indirekt die ursprüngliche Lebenserwartung eines anderen Menschen, auch ohne die spezifische Absicht, die ursprüngliche Lebenserwartung einer bestimmten Person in der menschlichen Welt zu verlängern.
(Quelle: Band 10 des Manga)
Die Regel über verkürzte Lebenserwartung, Regel XLII, ist die einzige Regel, die besagt, dass “in diesen Fällen” die Shinigami nicht die richtige Lebenserwartung sehen können. Im Zusammenhang mit verlängerten Lebensdauern wird dies nie erwähnt.